2034 год нашей эры. Прошло два года с того момента как Мотоко Кусанаги ( Kusanagi Motoko) покинула девятый отдел. Новым командиром отряда стал Тогуса (Togusa), в следствии чего расширился личный персонал отдела. Расширенный девятый отдел полностью занят борьбой с деятельностью таинственного и одаренного хакера с кличкой кукловод (Puppeteer). В процессе расследования Бато (Batou) сталкивается с Мотоко. Она исчезает со словами:"Держись подальше от "Полупроводникового общества"(the Solid State Society)" После этой встречи Бато остается в недоумении. Может ли быть Мотоко кукловодом? Серии интригующих событий, с которыми сталкивается девятый отдел, соединяются вместе в художественный фильм. Кто такой кукловод? Как будут развиваться события между Бато и Мотоко? Какая правда скрывается за цепью идеальных преступлений, и чем все это закончится? "Полупроводниковое общество" целиком покрыто тайной.