Сюжет фильма основан на вспышке Четвертой мировой воины между странами Шиноби, когда Ниндзя обладающие уникальными способностями начинают исчезать. Страна Огня единственная не подверглась нападению, поэтому все подозрения падают на нее, остальные Страны Шиноби начинают готовить план нападения! В Страну Огня вторгаются Шиноби с разных селений и говорят что если это не прекратится они будут вынуждены напасть на Коноху! Глава Страны Огня приказывает Цунаде любыми путями доказать что Коноха не виновата. В случаи если ей не удастся доказать невинность Конохи, Страна Огня будит вынуждена разрушить деревню чтобы сохранить мир между Странами Шиноби!
Настоящий преступник и главный герой фильма, Хируко, является беглым ниндзя, пропавшим из Конохи еще во времена Третей Мировой Воины Шиноби. Хирука многие годы занимался разработкой Техники Химеры, которая позволяет ему поглощать Чакру и способности других Ниндзя. По сюжету фильма Хируко вместе со своей командой (Ичи, Ни, и Сан) разбивают Лагерь на Горе Шами на границе Конохи и Ивогакуре. С помощью Гендзюцу он проектирует себя в небе Пяти Великих Стран Шиноби объявляя что он получит способности Страны Огня и станет бессмертным и непобедимым, а потом начнет Четвертую Мировою Войну Шиноби. Хируко хочет получить последнюю из способностей Конохи - Шаринган Какаши!