Со времени событий второго сезона, который, в итоге, привел к вступлению в Бюро еще одной молодой волшебницы – умной и дальновидной Хаятэ Ягами, минуло девять лет. Наноха полностью довольна чином капитана и местом инструктора боя Воздушных Сил Бюро. Фейт стала приемной дочерью адмирала Линди и продвинулась до должности свободного агента Космофлота. Хаятэ стала подполковником Сухопутных Сил, и, сохранив вокруг себя рыцарей-хранителей, поневоле включилась в политическую борьбу на Мид-Тилде, центральном мире вселенной Нанохи.

Главная интрига третьего сезона разворачивается вокруг таинственного пророчества, которое предрекает скорую гибель Бюро – вроде бы незыблемого гаранта стабильности всей известной Галактики. Стараниями высоких покровителей, Хаятэ, Наноха и Фейт собираются на Мид-Тилде и формируют невиданный ранее спецотряд, в котором опыт и способности героев первых двух сезонов соединяются с задором и талантами перспективной молодежи. И, как всегда, времени на боевое слаживание Шестому мобильному отряду отпущено совсем немного – пора раскрывать основные загадки сюжета, а по ходу дела и мир спасать!